L'attuale Villa San Siro incorpora i resti di un'antica chiesetta dedicata fin dalla sua fondazione a San Siro, vescovo di Pavia. La fondazione di questa chiesetta è attestata da alcuni documenti, il più antico dei quali fa risalire l'atto di fondazione al primo luglio dell'885; in tale anno, infatti, un certo Ambrogio lasciò un legato alla basilica 'Santi Siri alla Vepra': essa sarebbe dovuta dipendere dalla 'cella Santi Ambrogi', un piccolo monastero del luogo, tenuto dai benedettini che a San Siro sarebbero venuti a celebrare le funzioni sacre.
Notizie della chiesetta di San Siro sono riscontrabili anche in altri documenti di periodi storici successivi . Sappiamo ad esempio, che dopo la distruzione di Milano operata dal Barbarossa, la zona di San Siro venne affidata dal podestà nominato dall'imperatore ai milanesi per la ricostruzione delle loro abitazioni.
Per il secolo XII si hanno notizie di antichi nuclei abitati; tale tipo d'informazione scarseggia per i secoli successivi. Dalle notizie giunte in nostro possesso, sappiamo che verso la fine del XVI secolo la chiesetta fu affidata per un breve periodo ai cistercensi passò poi sotto la giurisdizione di San Bartolomeo piccolo, finché nel 1581 le chiese e gli oratori che formavano i cosiddetti 'Corpi santi di Porta Vercellina' vennero annessi alla parrocchia di San Pietro in Sala, mantenendo l 'obbligo della celebrazione della Messa festiva in luogo. Ormai San Siro era ridotto in uno stato di semiabbandono; era un oratorio posto Botto il giuspatronato dei Pecchi, famiglia nobile, affittuaria ed amministratrice dei beni appartenuti un tempo ai benedettini ed ai cistercensi. Essi, nel secolo XVII demolirono la parte anteriore della chiesa per addossarvi una casa.
L'oratorio di San Siro appartenne alla parrocchia di San Pietro in Sala fino al 1959 quando fu posta sotto la dipendenza della parrocchia di Sant'Anna.
Due altri fatti storici sono legati a questa zona. Il primo risale al tempo del Risorgimento italiano : qui si tenne infatti un convegno carbonaro nel 1821. Attestazioni di questo incontro patriottico sono desumibili dalle 'Memorie' scritte dal conte Federico Confalonieri durante la sua prigionia nel carcere dello Spielberg e nell 'opera del conte Giovanni Arrivabene 'Un'epoca della mia vita'. Questo incontro carbonaro promosso dal conte Vecchio si concluse con l 'arresto dei convenuti in seguito alla delazione di uno di loro alla polizia austriaca.
La storia recentissima ci ricorda la chiesetta di San Siro per_ che incorporata in una villa che ospitò la banda Koch. IL 13 luglio del 1944 il ministero degli interni della repubblica di Salò inviò un appartenente alla polizia speciale per sequestrare la villa dei signori Fossati per adibirla a quartiere generale della, banda Koch che vi compì efferatezze e torturò molti partigiani o presunti tali.
Al primo piano, in un vasto salone, vi era l'ufficio di Koch , mentre i rimanenti locali erano occupati da altri inquisitori. Al secondo piano c'erano le camere del personale, autisti ed agenti.
Le cantine della casa, una volta lavanderie, carbonaia e ripostigli, vennero trasformate in luoghi di tortura; due di esse furono piastrellate e trasformate in docce, nelle quali i prigionieri venivano sottoposti a getti successivi di acqua bollente ed acqua gelida. Le cantine rimanenti vennero trasformate in celle, tre per gli uomini e una per le donne; due di esse erano cosi basse di non consentire alla persona la posizione eretta. Tutte le finestre furono chiuse con inferriate; una scala a chiocciola collegava il piano superiore con le cantine sottostanti. La casa era stata dotata anche di un potente impianto elettrico che illuminava continuamente le celle nelle quali venivano stipati fino ad 80 prigionieri.
Notizie di quanto accadeva a 'Villa Triste' cominciarono a trapelare e la fine della banda Koch non è chiara: si trattò probabilmente di rivalità con la banda 'Muti', in seguito ad un'interferenza di interessi. Il 25 settembre del 1944 uomini della 'Muti' circondarono la villa e dopo una breve sparatoria l'occuparono. I partigiani prigionieri furono trasferiti a San Vittore e da lì alcuni di essi partirono per i campi di concentramento tedeschi da cui non fecero più ritorno. Gli appartenenti alla banda Kooh' furono fatti prigionieri e poi rilasciati per intervento dei tedeschi.
Nel dopoguerra Villa San Siro venne occupata dalle Missionarie dell'Immacolata cui era stata donata dalla Signora Fossati per a-dempiere alle ultime volontà del marito.
Molti lavori di riadattamento sono stati fatti soprattutto per quanto riguarda il piano inferiore della casa, trasformando le docce e le celle in cucina dispensa, guardaroba refettorio.